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Na arquitetura .NET, todos os aplicativos (inclusive os do Office) são desenvolvidos em cima de componentes modulares denominados como "assemblies", que são semi-compilados de maneira a ser chamado por "p-code". Na hora da execução dos Módulos (assemblies), a compilação é completada por um software chamado (CLR) Common Language Runtime.

O melhor de tudo isso é que este CLR não roda apenas sob Windows. Então podemos ter versões de ASP NET para Linux, Solaris etc. Outra característica impressionante da arquitetura .NET é que uma aplicação pode ser desenvolvida com linguagens que tenham as sintaxes de VB, Delphi, PERL, Visual C++, COBOL entre outras. Todas estas linguagens utilizam a mesma biblioteca chamada ".NET Base Class Library" onde temos recursos para acessar base de dados, criação de interfaces gráficas para o usuário e até mesma criação de páginas dinâmicas para Internet (o que era chamado de ASP).

Para desenvolver esta nova arquitetura a linguagem C# (pronuncia-se C sharp) usada na plataforma .NET, que substitui o Java da Microsoft, foi contratado nada menos que Anders Hejlsberg que estava na Borland, onde criou o Turbo Pascal e o Delphi.

Uma diferença radical em relação ao Java é que, as aplicações .NET se comunicam pela Internet usando o protocolo HTTP enquanto o Java utiliza o RMI. Comparativamente podemos considerar o XML como não compilado. O RMI usa formato binário.

Finalmente, o Java trabalha mantendo a conexão entre servidor e cliente (stateful) enquanto as aplicações .NET trabalham principalmente com o tipo internitente de conexões que caracterizam o protocolo HTTP da web (stateless).

Apesar de se ter comentando que a linguagem e arquitetura .NET são clones do Java, elas são bem diferentes: o Java utiliza applets que são processados na máquina do cliente, enquanto as aplicações .NET criam interfaces em HTML e eventualmente faz alguma consistência de entradas no cliente.

Quem diria... Microsoft que sempre defendeu a arquitetura PC, está jogando os processos fundamentais de seus aplicativos em servidores.
Uma outra inovação da Microsoft foi colocar disponível para download gratuito pela Internet, o kit básico que permite desenvolver aplicações .NET (inclusive o ASP .NET) com os compiladores para C#, Visual Basic e Visual C++.

Tudo isso pode ser encontrado em: http://msdn.microsoft.com/net/